单细胞分选后，下游可进行多组学研究，如基因组、转录组、蛋白组、代谢组等，通过在单细胞精度，整合代谢表型组（拉曼光谱）、基因序列、表观修饰、mRNA、蛋白、代谢组等多层面信息，以最“深入”地探讨复杂性状的遗传基础、分子机理和设计原则。
此外，还可进行单细胞培养，以获得目标细胞，服务于生物资源挖掘、工业菌株筛选、细胞工厂设计、精准医学等。
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