两者均先对细胞进行表型检测，然后在液流中对目标细胞进行分离。但是，两者在细胞表型的检测原理上，具本质的区别：FACS基于荧光信号，而RACS基于拉曼信号。
相较FACS而言，RACS有以下核心优势。
（1）适用范围广：RACS无需外加荧光标记，故适用于所有类型的细胞，因此适用RACS的细胞范围更广。
（2）信息更丰富：RACS揭示和分选的细胞表型信息更为多样，可获得如细胞种类、底物代谢、产物合成、代谢物互作网络、环境应激、物种间代谢互作等极为丰富、“全景式”的代谢表型组信息。
（3）保留细胞活性：FACS中高速液流的剪切力对细胞往往造成损伤，而由于每个细胞拉曼光谱全谱采集的时间相对较长（通常 1 ms 到 1 s），因此RACS基于介电力的目标细胞分选相对柔和，可保护细胞的原位活性。
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